La historia de la CNSE arranca en el año 1935, durante la convocatoria de una asamblea celebrada en Barcelona. Por entonces, las asociaciones de personas sordas más activas del país, a instancias de D. Juan Luis Marroquín Cabiedas, vieron la necesidad de fundar la primera Federación Nacional de Sociedades de Sordomudos de España para así aglutinar los intereses del colectivo. Aquella propuesta fue promovida por las asociaciones de Madrid, Barcelona, Zaragoza, Sevilla, Valladolid, Ávila, Albacete, Burgos, Santander y Vitoria, pero también hubo otras sociedades que, aunque no asistieron a la reunión, delegaron su voto a favor. Fue el caso de Bilbao, Oviedo, Gijón, Castellón, Valencia y Palma de Mallorca.
Un año después, el 14 de junio de 1936, se constituye oficialmente la Federación, nombrando presidente de la misma al citado Sr. Marroquín pero a causa de la guerra civil española, que estalló un mes después, su actividad quedó interrumpida. Aquella primera etapa en la historia de la CNSE tuvo sobre todo un carácter socio-asistencial ya que las personas sordas apenas tenían reconocidos sus derechos más básicos en España. Era un colectivo invisible para el resto de la sociedad española.
A mediados de los años 70, con la llegada de la democracia, la CNSE ya cuenta con una red asociativa muy potente -el número de asociaciones se eleva a 47-. Se produce, en estos años, un periodo de eclosión de la cultura sorda que contribuye a enriquecer el desarrollo lingüístico de la lengua de signos y que fortalece al Movimiento Asociativo de personas sordas que se encuentra ya firmemente cohesionado.
Las asociaciones comienzan a crear federaciones y van adaptándose a la nueva situación política del país. En esta etapa se dan las primeras manifestaciones de personas sordas, que se echan a las calles para reivindicar sus necesidades y denunciar las múltiples carencias. Poco a poco, la CNSE se convierte en la casa común desde la que las personas sordas se organizan para hacer valer sus derechos civiles y exigir el reconocimiento de su lengua.
A principios de los 90 se producen avances sociales significativos. Las personas sordas empiezan a tener mayor visibilidad social gracias a la labor constante que realiza la CNSE. En esta etapa, entre otras cosas, comienzan a impartirse cursos formativos para las y los profesionales sordos que enseñan lengua de signos, se reconoce el título de técnico/a superior en interpretación de la lengua de signos, se produce un auge del subtitulado, se publican las primeras investigaciones lingüísticas sobre la lengua de signos en España y se desarrollan innovadoras experiencias de educación bilingüe-bicultural para personas sordas.
La educación bilingüe-bicultural para personas sordas es un proyecto educativo donde el proceso de enseñanza-aprendizaje se lleva a cabo en un entorno en el que coexisten dos o más lenguas que se utilizan como vehiculares. En el caso de las personas sordas se refiere a la lengua de signos española, o catalana en el ámbito de Cataluña, y la lengua oral-escrita del entorno.
Ya entrado el siglo XXI, tras años de dura lucha y reivindicación, el 16 de septiembre de 2005, el Gobierno de España da los primeros pasos para regular el uso de la lengua de signos. Fue un proceso imparable que culminó en octubre de 2007, fecha en la que España reconoce la lengua de signos española y catalana en su sistema legal mediante la Ley 27/2007, de 23 de octubre.